Pour son fonctionnement, la Fédération a mis en place des commissions et structures.
Elles sont composés de :
| Commissions ou Structures | Responsable |
| Structure Congrès et Championnat de France de Magie FFAP | William Condette |
| Concours Championnat de France de Magie et régionaux | Frédéric Denis |
| Spectacles et Vidéo magiques de l’année | Claude Gilson |
| Cellule Communication | Emmanuel Courvoisier |
| Brevet d’Initiateur aux Arts Magiques (BIAM) | Alban William |
| Secrets de l’année | Laurent Guez |
| Équipe de France Scène FFAP | Pathy Bad |
| Équipe de France Close-Up FFAP | Laurent Guez |
| Relation FFAP avec les amicales | Serge Arial |
| Commission aux comptes | Noël Decreton |
| Examen, titres et grades | Gérald Rougevin |
| Maison et boutique | Georges Naudet |
| Statuts et RI | Gérald Rougevin |
| Commission des Sages | vacant |